Ook op andere fronten geeft Bussemaker niet veel toe. Zo ziet de minister niet veel in de bevoegdheid van de medezeggenschap om bestuurders weg te sturen in het geval van wanbeheer. Eveneens vindt ze het te voorbarig om de medezeggenschap instemmingsrecht te geven op de hoogte van het instellingscollegegeld, in het geval van opheffing of samenvoeging van opleidingen en in het geval van samenwerking met andere universiteiten of hogescholen. Het wettelijk vastleggen van instemmingsrecht op het allocatiemodel, grote huisvestingsbeslissingen of het bindend studieadvies gaat de minister ook te ver. Het verplichten van het opnemen van student-assessors in colleges van bestuur of het verplicht verkiezen van opleidingscommissies steunt ze evenmin.

Slechts een klein aantal amendementen kan de steun van Bussemaker wel wegdragen. Zo laat zij de Kamer beslissen of Raden van Toezicht een meldplicht krijgen als zij wanbeheer aantreffen, evenals of fulltime-bestuurders vrijgesteld zullen worden van het betalen van het collegegeld. Ook wat betreft het meest symbolische amendement, dat van Paul van Meenen die de naam van de wet wil veranderen in Wet versterking bestuurskracht en medezeggenschap, laat zij het oordeel aan de Kamer.